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Micron Document

<!DOCTYPE html>

<title>GROMACS</title>

</head>

<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">GROMACS</span></h1>

</header>

</div>

<th colspan="2" class="hintergrundfarbe6" style="font-size:105%; text-align:center;">GROMACS

</p>

</th></tr>

<tr>

</td></tr>

<tr>

<th colspan="2" class="hintergrundfarbe5" style="font-size:105%; text-align:center;">Basisdaten

</p>

</th></tr>

<tr>

<td><b><a href="Softwareentwickler" title="Softwareentwickler">Entwickler</a></b>

</td>

<td><a href="K%C3%B6nigliche_Technische_Hochschule" title="Königliche Technische Hochschule">KTH Stockholm</a>,<br><a href="Universit%C3%A4t_Uppsala" title="Universität Uppsala">Universität Uppsala</a><br>u. a.<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</td></tr>

<tr>

<td><b>Aktuelle <a href="Version_(Software)" title="Version (Software)">Version</a></b>

</td>

<td><span class="wikidata-content">2025.4<sup id="cite_ref-_f896bc4d300ede0b_2-0" class="reference"><a href="#cite_note-_f896bc4d300ede0b-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup></span> <br> (<span class="wikidata-content">21. November 2025</span>)

</td></tr>

<tr>

<td><b><a href="Betriebssystem" title="Betriebssystem">Betriebssystem</a></b>

</td>

<td><a href="Windows" class="mw-redirect" title="Windows">Windows</a><sup id="cite_ref-3" class="reference"><a href="#cite_note-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>, <a href="MacOS" title="MacOS">macOS</a>, <a href="Linux" title="Linux">Linux</a>

</td></tr>

<tr>

<td><b><a href="Programmiersprache" title="Programmiersprache">Programmiersprache</a></b>

</td>

</td></tr>

<tr>

<td><b>Kategorie</b>

</td>

<td>Simulationssoftware

</td></tr>

<tr>

<td><b>Lizenz</b>

</td>

</td></tr>

<tr>

<td><b><a href="Lokalisierung_(Softwareentwicklung)" title="Lokalisierung (Softwareentwicklung)">deutschsprachig</a></b>

</td>

<td>nein

</td></tr>

<tr>

<td class="hintergrundfarbe5" colspan="2" style="text-align:center;"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.gromacs.org/">www.gromacs.org</a>

</td></tr></tbody></table>

<p><b>GROMACS</b> (<i><b>Gro</b>ningen <b>Ma</b>chine for <b>C</b>hemical <b>S</b>imulations</i>) ist ein <a href="Softwarepaket" class="mw-redirect" title="Softwarepaket">Softwarepaket</a> für Simulationen und Auswertungen <a href="Molek%C3%BCldynamik" class="mw-redirect" title="Moleküldynamik">molekulardynamischer</a> Prozesse (MD), das ursprünglich an der <a href="Universit%C3%A4t_Groningen" class="mw-redirect" title="Universität Groningen">Universität Groningen</a> entwickelt wurde. Heute findet die Unterstützung und Weiterentwicklung an verschiedenen Orten und Einrichtungen statt, darunter die <a href="Universit%C3%A4t_Uppsala" title="Universität Uppsala">Universität Uppsala</a>, <a href="Universit%C3%A4t_Stockholm" title="Universität Stockholm">Universität Stockholm</a> und das <a href="Max-Planck-Institut_f%C3%BCr_Polymerforschung" title="Max-Planck-Institut für Polymerforschung">Max-Planck-Institut für Polymerforschung</a>.<sup id="cite_ref-pmid16211538_5-0" class="reference"><a href="#cite_note-pmid16211538-5"><span class="cite-bracket">[</span>5<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-Hess_2008_6-0" class="reference"><a href="#cite_note-Hess_2008-6"><span class="cite-bracket">[</span>6<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Eigenschaften">Eigenschaften</h2></div>

<p>Ursprünglich wurde das GROMACS-Projekt in den frühen 1990er Jahren gestartet, um ein optimiertes Parallelcomputersystem für molekulare Simulation zu konstruieren. Das ganze System basierte anfänglich auf einer ringförmigen Architektur der beteiligten Rechner mit aufwändiger Kommunikation zwischen den einzelnen Knoten.

Die spezifischen <a href="Routine_(Programmierung)" title="Routine (Programmierung)">Routinen</a> basierten auf dem Programm <a href="GROMOS" title="GROMOS">GROMOS</a>, das in derselben Arbeitsgruppe in Groningen entwickelt wurde. Sie wurden aber in <a href="C_(Programmiersprache)" title="C (Programmiersprache)">C</a> umgeschrieben, wohingegen GROMOS in <a href="Fortran" title="Fortran">Fortran</a>77 geschrieben war.

Zusätzlich wurde eine Vielzahl spezifischer Elemente hinzugefügt, z. B.:

</p>

<ul><li>eine besondere Routine, um die aufwändige <a href="Quadratwurzel" title="Quadratwurzel">Quadratwurzelberechnung</a> zu umgehen</li>

<li>optimierte Verarbeitung der Liste benachbarter Atome</li>

<li>Berechnung der <a href="Virialgleichung" class="mw-redirect" title="Virialgleichung">Virialgleichung</a> als einfache anstatt doppelter Summe über die Partikel</li>

<li>schnelle Gitternetz basierte Suche benachbarter Atome</li>

<li>Verwendung von Vektor-Befehlssätzen (<a href="3DNow" title="3DNow">3DNow</a> und <a href="Streaming_SIMD_Extensions" title="Streaming SIMD Extensions">SSE</a>) auf <a href="Pentium" class="mw-redirect" title="Pentium">Pentium</a> (III und höher), <a href="Athlon" class="mw-redirect" title="Athlon">Athlon</a> und <a href="Duron" class="mw-redirect" title="Duron">Duron</a> Prozessoren.</li>

<li>Verwendung von OpenCL und CUDA für GPU und MPI für Rechnernetze mit Version 5 oder 2016 und höher.</li>

<li>Verwendung von SYCL ab Version 2021 als Ersatz von OpenCL (deprecated mit Version 2021)<sup id="cite_ref-7" class="reference"><a href="#cite_note-7"><span class="cite-bracket">[</span>7<span class="cite-bracket">]</span></a></sup></li>

<li>Implementierung <i>des DSSP-Algorithmus</i> für die <i>Sekundärstrukturvorhersage</i><sup id="cite_ref-8" class="reference"><a href="#cite_note-8"><span class="cite-bracket">[</span>8<span class="cite-bracket">]</span></a></sup></li></ul>

<p>Der durchgehend optimierte Code macht GROMACS zu einem der schnellsten Programme im Bereich der molekularen Simulationen, die zurzeit (Stand Juli 2009) zu finden sind. Zusätzlich wird GROMACS durch die Unterstützung verschiedener <a href="Kraftfeld_(Computerphysik)" title="Kraftfeld (Computerphysik)">Kraftfelder</a>, wie <i>AMBER</i>, <i>OPLS</i> oder GROMOS sehr flexibel. Die Verbreitung unter <a href="GNU_General_Public_License" title="GNU General Public License">GPL</a> Lizenzierung ist ein weiterer erwähnenswerter Punkt von GROMACS. Durch diese Art der Lizenzierung ist das Paket bereits in vielen Linux-Distributionen enthalten bzw. kann recht einfach nachinstalliert werden.

Für das verteilte Rechnen ist eine <a href="Message_Passing_Interface" title="Message Passing Interface">MPI</a>-Unterstützung bei der Installation als Option vorhanden. Das Projekt <a href="Folding%40home" title="Folding@home">Folding@home</a> der <a href="Stanford_University" title="Stanford University">Stanford University</a> nutzt GROMACS unter einer Nicht-GPL-Lizenz im Bereich der <i>ab initio</i>-Simulationen von Proteinfaltungen.

Das Paket umfasst knapp 100 Programme zur Durchführung und Analyse molekulardynamischer Berechnungen.

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Siehe_auch">Siehe auch</h2></div>

<li><a href="GROMOS" title="GROMOS">GROMOS</a></li>

<li><a href="CHARMM" title="CHARMM">CHARMM</a></li>

<li><i>AMBER</i></li>

<li><a href="Xmgrace" title="Xmgrace">Grace</a></li>

<li><a href="Folding%40home" title="Folding@home">Folding@home</a></li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Weblinks">Weblinks</h2></div>

<ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.gromacs.org/">Offizielle Website</a> (englisch)</li>

<li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.bwhpc-c5.de/wiki/index.php/Gromacs">GROMACS on HPC-C5 Cluster-Systems</a></li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>

<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text"><span class="cite"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20200226063101/http://www.gromacs.org/About_Gromacs/People"><i>Die GROMACS-Entwickler.</i></a> In: <i>gromacs.org.</i> Archiviert vom <style data-mw-deduplicate="TemplateStyles:r250917974">

/* start https://de.wikipedia.org/ */

.mw-parser-output .dewiki-iconexternal>a{background-position:center right!important;background-repeat:no-repeat!important}body.skin-minerva .mw-parser-output .dewiki-iconexternal>a{background-image:url("./_mw_/OOjs_UI_icon_external-link-ltr-progressive.svg")!important;background-size:10px!important;padding-right:13px!important}body.skin-timeless .mw-parser-output .dewiki-iconexternal>a,body.skin-monobook .mw-parser-output .dewiki-iconexternal>a{background-image:url("./_mw_/MediaWiki_external_link_icon.svg")!important;padding-right:13px!important}body.skin-vector .mw-parser-output .dewiki-iconexternal>a{background-image:url("./_mw_/Link.ernal-small-ltr-progressive.svg")!important;background-size:0.857em!important;padding-right:1em!important}

/* end https://de.wikipedia.org/ */

</style><span class="dewiki-iconexternal"><a class="external text" href="https://redirecter.toolforge.org/?url=http%3A%2F%2Fwww.gromacs.org%2FAbout_Gromacs%2FPeople">Original</a></span> (nicht mehr online verfügbar) am <span style="white-space:nowrap;">26. Februar 2020</span><span>;</span><span class="Abrufdatum"> abgerufen am 6. Oktober 2017</span> (englisch).</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3AGROMACS&rft.title=Die+GROMACS-Entwickler&rft.description=Die+GROMACS-Entwickler&rft.identifier=https%3A%2F%2Fweb.archive.org%2Fweb%2F20200226063101%2Fhttp%3A%2F%2Fwww.gromacs.org%2FAbout_Gromacs%2FPeople&rft.source=http://www.gromacs.org/About_Gromacs/People&rft.language=en"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-_f896bc4d300ede0b-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-_f896bc4d300ede0b_2-0">↑</a></span> <span class="reference-text"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://manual.gromacs.org/2025.4/release-notes/2025/2025.4.html"><cite style="font-style:italic"><span lang="en">GROMACS 2025.4 release notes</span></cite>.</a> (abgerufen am 26. November 2025).</span>

</li>

<li id="cite_note-3"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-3">↑</a></span> <span class="reference-text"><span class="cite"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://manual.gromacs.org/2024.4/install-guide/index.html#building-on-windows"><i>GROMACS auf Windows.</i></a> In: <i>manual.gromacs.org.</i><span class="Abrufdatum"> Abgerufen am 18. Januar 2025</span> (englisch).</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3AGROMACS&rft.title=GROMACS+auf+Windows&rft.description=GROMACS+auf+Windows&rft.identifier=https%3A%2F%2Fmanual.gromacs.org%2F2024.4%2Finstall-guide%2Findex.html%23building-on-windows&rft.language=en"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-_ab01dba58a730e71-4"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-_ab01dba58a730e71_4-0">↑</a></span> <span class="reference-text"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.openhub.net/p/gromacs/analyses/latest/languages_summary"><cite style="font-style:italic"><span lang="en">The GROMACS Open Source Project on Open Hub: Languages Page</span></cite>.</a> In: <cite style="font-style:italic">Open Hub</cite>. (abgerufen am 18. Januar 2025).</span>

</li>

<li id="cite_note-pmid16211538-5"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-pmid16211538_5-0">↑</a></span> <span class="reference-text">D. Van Der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark, H. J. Berendsen: <cite style="font-style:italic">GROMACS: fast, flexible, and free</cite>. In: <cite style="font-style:italic">J Comput Chem</cite>. <span style="white-space:nowrap">Band<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>26</span>, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>16</span>, 2005, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>1701–1718</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1002/jcc.20291">10.1002/jcc.20291</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16211538?dopt=Abstract">PMID 16211538</a>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:GROMACS&rft.atitle=GROMACS%3A+fast%2C+flexible%2C+and+free&rft.au=D.+Van+Der+Spoel%2C+E.+Lindahl%2C+B.+Hess%2C+...&rft.date=2005&rft.doi=10.1002%2Fjcc.20291&rft.genre=journal&rft.issue=16&rft.jtitle=J+Comput+Chem&rft.pages=1701-1718&rft.pmid=16211538&rft.volume=26" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-Hess_2008-6"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-Hess_2008_6-0">↑</a></span> <span class="reference-text">B. Hess, C. Kutzner, D. Van Der Spoel, E. Lindahl: <cite style="font-style:italic">GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation</cite>. In: <cite style="font-style:italic">J Chem Theory Comput</cite>. <span style="white-space:nowrap">Band<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>4</span>, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>2</span>, 2008, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>435</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1021/ct700301q">10.1021/ct700301q</a></span>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:GROMACS&rft.atitle=GROMACS+4%3A+Algorithms+for+Highly+Efficient%2C+Load-Balanced%2C+and+Scalable+Molecular+Simulation&rft.au=B.+Hess%2C+C.+Kutzner%2C+D.+Van+Der+Spoel%2C+...&rft.date=2008&rft.doi=10.1021%2Fct700301q&rft.genre=journal&rft.issue=2&rft.jtitle=J+Chem+Theory+Comput&rft.pages=435&rft.volume=4" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-7"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-7">↑</a></span> <span class="reference-text"><a rel="nofollow" class="external free" href="https://www.iwocl.org/wp-content/uploads/22-iwocl-syclcon-2021-alekseenko-slides.pdf">https://www.iwocl.org/wp-content/uploads/22-iwocl-syclcon-2021-alekseenko-slides.pdf</a></span>

</li>

<li id="cite_note-8"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-8">↑</a></span> <span class="reference-text"><span class="cite">GROMACS development team: <a rel="nofollow" class="external text" href="https://manual.gromacs.org/2023/release-notes/2023/major/highlights.html"><i>Highlights GROMACS 2023.</i></a> In: <i>manual.gromacs.org.</i> 2023,<span class="Abrufdatum"> abgerufen am 27. April 2023</span> (englisch).</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3AGROMACS&rft.title=Highlights+GROMACS+2023&rft.description=Highlights+GROMACS+2023&rft.identifier=https%3A%2F%2Fmanual.gromacs.org%2F2023%2Frelease-notes%2F2023%2Fmajor%2Fhighlights.html&rft.creator=GROMACS+development+team&rft.date=2023&rft.language=en"> </span></span>

</li>

</ol></div><div><div class="zim-footer">

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